Je ne suis pas en mesure de répondre en ce qui concerne la sécurité et la confidentialité des données que vous souhaitez gérer, mais à mon avis cela ne changera rien de les laisser chez l'hébergeur ou de les mettre en ligne à partir de chez vous, à partir du moment où elles sont accessibles sur l'Internet. Je pense même que les données seront mieux protégées chez l'hébergeur – qui a, au-delà de ses ressources et compétences, une obligation légale et contractuelle dans ce domaine.
Un NAS n'est pas «qu'un gros disque dur», en tout cas pas les Synology : c'est un micro-ordinateur dédié au stockage partagé, tournant en général sous une version taillée sur mesure de Linux. Les Synology possèdent de manière intégrée un serveur Apache, une base de données MySQL et la gestion HTML dynamique PHP5, le tout préconfiguré et prêt à accepter tous les modules PHP développés par des tiers (je suis moi-même en train de tester Joomla pour refaire mon site personnel) pourvu qu'ils soient compatibles avec cet ensemble de composants.
En ce qui concerne la mise en œuvre des disques, il n'y a rien à faire : on crée un (ou plusieurs) volume(s) sur le(s) disque(s) installé(s), et le NAS se charge du reste, il n'y a qu'à attendre. Pour des disques de 2To, il faut compter 3 bonnes heures avant de pouvoir utiliser le système, mais c'est une opération unique – sauf remplacement de disque, bien entendu. Je vous recommande de télécharger le manuel des NAS que vous étudiez pour voir les détails.