J'ai trouvé le moyen pour installer deux instances de la Cloud Station, et avoir la possibilité d'un dossier partagé, et un dossier perso ! La solution existe pour Dropbox, et elle est encore plus simple pour Synology :
Il suffit d'installer de nouveau la Cloud Station depuis un autre compte utilisateur Windows (seulement installer, pas configurer), puis de revenir à son compte windows principal, de renommer le fichier exe en "Cloud2" par exemple (dans le dossier "C:\Users\Nomdutilisateurnumero2\AppData\Roaming\CloudStation"), et de bien mettre les deux raccourcis dans le dossier Démarrage du menu Démarrer. On peut alors configurer la seconde instance en lançant Cloud2.
Pour l'instant, je n'ai pas vu de problème : et vous ? Je ne sais même pas s'il est nécessaire de renommer le fichier en "Cloud2" : avez-vous essayé ?