Bonjour Philou,
il me semble avoir vu plein de sujets sur ce point: lors de la copie directe de fichiers sur le dossier photo, ton NAS génère des miniatures (plusieurs, je crois 4 par photos). Cette génération ce fait sur le cpu de ton NAS, peu puissant comparé à un cpu de PC moderne et peut durer des mois.
J'ai eu le même problème que toi, et après quelques de jours de travail cpu à 100%, j'ai decidé de tout effacer et de re-importer les photos depuis le Synology assistant. Celui-ci a l'avantage de gérer les miniatures à l'aide du cpu de mon PC, ce qui a pris environ 2s par photo plutôt que plusieurs minutes. Du coup, tout a été reimporté (30000 photos) en moins de 24 heures.
Sinon et pour répondre à ta question ,si tu re-indexes, tu ne devrais selon moi pas perdre les miniatures déjà créées.
Note aussi que l'import par le Synology assistant te permet aussi de ré-importer un dossier partiellement transférer tout en gardant le travail déjà effectué (choisir l'option "ignorer" les fichier déjà existants plutot que "écraser".
Bonne chance,
Julien