Non. C'est bien dans le fichier ssh_config qu'il faut intégrer ces deux lignes. Si le fichier n'existe pas, il faut le créer et y insérer ces lignes.
Attention : quant on fait un rsync distant, il y a deux machines impliquées (ça peut être deux NAS par exemple). La machine serveur, qui va être à l'écoute de la requête et la machine cliente, qui pilote l'opération et lance la requête rsync (le backup Synology utilise aussi rsync). Le fichier à rajouter, s'il n'existe pas, doit l'être sur la machine cliente. Sur la machine serveur, pas besoin de rajouter l'information. C'est le client qui est en charge de maintenir la connexion aussi longtemps qu'il en a besoin, pour éviter justement un time out au niveau du serveur.
Pour info, j'avais également rencontré des problèmes de time out avec, souvent, de gros fichiers. Rajouter ces paramètres a totalement résolu ma problématique et le transfert, selon les nuits, fait pratiquement 1 To (oui, ca prend quelques heures). Ca tourne parfaitement depuis plus d'une année, que ce soit sous DSM 4.3.x ou 5.0.x