Lorsqu'on demande à exécuter un programme, le système le recherche en utilisant la variable $PATH de manière séquentielle.
La recherche s'arrête dès que le programme est trouvé, dans ton cas la recherche de la command uptime se fait comme suit :
PATH=/opt/bin:/opt/sbin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/syno/sbin:/usr/syno/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin
/opt/bin/uptime # Trouvé, la recherche s'arrête ici
/opt/sbin/uptime
/sbin/uptime
/bin/uptime
/usr/sbin/uptime
/usr/bin/uptime
/usr/syno/sbin/uptime
/usr/syno/bin/uptime
/usr/local/sbin/uptime
/usr/local/bin/uptime
Pour que ipkg ne remplace pas les programmes existants, il suffirait de modifier l'ordre de recherche dans la variable $PATH en plaçant les chemins vers ipkg à la fin.
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/syno/sbin:/usr/syno/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/opt/bin:/opt/sbin
/sbin/uptime
/bin/uptime
/usr/sbin/uptime
/usr/bin/uptime # Trouvé, la recherche s'arrête ici
/usr/syno/sbin/uptime
/usr/syno/bin/uptime
/usr/local/sbin/uptime
/usr/local/bin/uptime
/opt/bin/uptime
/opt/sbin/uptime